用于DNA分析的样品可从总基因组DNA或克隆片段中获得,通过酶的催化掺入带荧光的核苷酸,也可通过与荧光标记的引物配对进行PCR扩增获得荧光标记DNA样品,从DNA转录的RNA可用于检测克隆的DNA片段,RNA探针常从克隆的DNA中获得,利用RNA聚合酶掺入带荧光的核苷酸